Em 15 de dezembro de 1935, foi fundada a Faculdade de Ciências Médicas (FCM) na cidade do Rio de Janeiro, antigo Distrito Federal, localizada no então chamado Estado da Guanabara. Era uma sociedade anônima, compostas por médicos que buscavam espaço próprio para exercer a cátedra. Foi reconhecida como faculdade em 1940. A primeira turma formou 17 médicos. Nos anos seguintes, não houve colação (1942/1943). No final dos anos 40 lá se formavam quase 100 médicos por ano.
Em 04 de dezembro de 1950, foi criada a Universidade do Distrito Federal (UDF), com a inclusão da FCM como uma das unidades acadêmicas, passando a receber subsídios municipais. Em 1958, a UDF se tornou Universidade do Rio de Janeiro, sendo renomeada como Universidade do Estado da Guanabara (UEG) em 1960, quando a cidade de Brasília foi fundada, substituindo o Rio de Janeiro como Distrito Federal. Nova troca de nome ocorreu em 1975, quando voltou a ser denominada Universidade do Estado do Rio de Janeiro – UERJ, após a fusão dos Estados da Guanabara e do Rio de Janeiro.
Na época, as disciplinas da faculdade eram distribuídas em cátedras. A cátedra de Pediatria funcionou inicialmente no Instituto Fernandes Figueira (IFF) e era ministrada pelos professores Mario Olinto, Helio De Martina, Fernando Olinto e Newton Pot. Em 1962, com a incorporação do Hospital Municipal Pedro Ernesto, atual Hospital Universitário Pedro Ernesto (HUPE) da UERJ, como Hospital de Clínicas da UEG, teve início a migração da cátedra de Pediatria para as futuras instalações dentro do hospital.
O Dr. Sergio Eisenberg, médico residente da UEG no IFF, foi incumbido de implementar a enfermaria de Pediatria e iniciar o atendimento pediátrico no HUPE, fazendo a conexão entre a Cátedra de Pediatria da FCM no IFF e o futuro serviço de Pediatria do HUPE. Entre 1962 e 1964 crianças com doenças renais e doenças neurológicas passaram então a serem internadas sob supervisão do Dr. Sergio nas enfermarias de clínica médica supervisionadas pelos professores Jaime Landman e Piquet Carneiro.
Em 1964 Dr. Sergio foi então nomeado médico da Pediatria do HUPE. Entre 1962 e 1970, os professores lotados na Cátedra de Pediatria da FCM no IFF ficaram se revezando entre os dois hospitais, dando assistência aos alunos que já frequentavam as dependências do HUPE. A Dra Galzuinda Neder foi a primeira residente médica de Pediatria do HUPE.
O Serviço de Pediatria do HUPE foi ampliado em 1968 com a ida do Dr. Miguel Abdala, médico do Departamento de Doenças Infecciosas do HUPE e a contratação da Dra. Galzuinda como médica pediatra.
Também em 1968, ocorreu a defesa da tese de livre docência do professor Ruy de Souza Rocha, sendo primeiro professor adjunto de Pediatria da UEG, lotado no HUPE. De 1968 a 1970, outros pediatras passaram a compor o serviço, os doutores Nicola Albano, Edna Ferreira da Cunha, Hélcio Villaça Simões, Dilma de Alcântara Beirão e Maria José Ximenes.
Em 1970, foram inauguradas as instalações da Enfermaria de Pediatria, Maternidade, Berçário patológico e Berçário comum/intermediário do HUPE. Os alunos passaram então a frequentar a Disciplina de Pediatria exclusivamente no HUPE.
O Dr. Nicola Albano, pioneiro na neonatologia, era responsável pelo berçário, juntamente com o dr. Hélcio Simões. Naquela época, ainda não existia Alojamento Conjunto e todas crianças nascidas na maternidade do HUPE ficavam em berçário, sendo levadas até a mãe somente para amamentação.
Os doutores Sergio Eisienberg, Edna Cunha, Dilma Beirão e Miguel Abdala eram os médicos responsáveis por pacientes internados na enfermaria de Pediatria, que continha 20 leitos.
Em 1971 tem início as atividades do ambulatório de Pediatria com o Dr. Nivaldo Souza Amorim e Dra. Maria José Ximenes.
Em 1974 foram criadas a Enfermaria de Emergência Infantil com cinco leitos, o Isolamento infantil com três leitos, ambos vinculadas ao Departamento Materno Infantil, e a Unidade Clínica de Adolescente, vinculada ao Departamento de Medicina Interna da FCM.
Em 1974, os doutores Nicola, Sergio, Edna, Galzuinda , Nivaldo Souza e Maria Jose foram aprovados como professores auxiliares de Pediatria, assim como um novo médico, o Dr. Flamínio da Silva Nascimento. Dr. Flamínio foi lotado como professor na Enfermaria de Emergência infantil, assim como a Dra. Galzuinda Neder. A chefia do então Departamento Materno Infantil alternava entre os professores da Pediatria e Ginecologia-Obstetrícia.
Em 1978, ocorreu o primeiro concurso de professor titular de Pediatria sendo aprovado o Dr. Ruy Rocha que permaneceu na chefia do Serviço de Pediatria até 1993.
Em 1979, os médicos Jerônymo Buarque de Faria e Selma Chagas Manso foram contratados como professores auxiliares do Departamento Materno-Infantil. A Professora Selma foi lotada no ambulatório de Pediatria e posteriormente no berçário. Em 1980, Dr. José Luiz Muniz Bandeira Duarte foi contatado como professor auxiliar, substituindo professora Neder e atuando na enfermaria de Emergência Infantil e posteriormente nos Berçários Patológico e Intermediário.
Até 1980, os residentes médicos da Pediatria eram acompanhados à distância pelos professores da Pediatria nos horários não comerciais. Em 1980, houve concurso para médico plantonista de Pediatria, modificando a estrutura de atendimento, com supervisão contínua dos residentes durante os plantões de 24 horas.
A Professora Selma chefiou o setor de Emergência Infantil (Enfermaria onde eram internadas as crianças mais graves que necessitavam de cuidados intensivos antes da criação da Unidade de Terapia Intensiva) de 1985 a 1993. Em 1993, com a aposentadoria dos professores Rui, Edna, Dilma, Miguel e Sergio, houve concurso para novos professores de Pediatria. O Dr. Hélcio a partir de então passou a chefiar o Serviço de Pediatria de 1993 e 2004.
Em 12 de junho de 1996 foi inaugurado o Alojamento Conjunto. Recém-nascidos passaram a ficar com suas mães após o nascimento, somente permanecendo nos berçários em intercorrências. HUPE se tornou Hospital Amigo da Criança.
O Professor José Luiz Bandeira ficou responsável pelos berçários patológico e intermediário e os professores Hélcio e Selma, pelo Alojamento Conjunto. Em 28 de maio de 2006 foi criado o Núcleo perinatal com uma unidade de terapia intensiva neonatal, berçário intermediário e alojamento conjunto, tendo Professor José Luiz Bandeira como chefe.
Em 11 de abril de 2006, houve uma reforma departamental na Faculdade de Ciências Médicas através da DELIBERAÇÃO Nº 018/06 da Reitoria da UERJ. Nesta reforma foram modificadas as estruturas departamentais da FCM, passando a apresentar 11 departamentos, dentre eles o de Pediatria e o Departamento de Ginecologia e Obstetrícia que antes configuravam o Departamento Materno Infantil.. Os novos chefes de Departamento passaram a ser eleitos democraticamente a cada dois anos.
Chefias eleitas pelos professores do Departamento de Pediatra desde 2006:
O Ministério da Saúde incluiu através da portaria SAS/MS Nº 413 de 11 de agosto de 2005 passou classificar como consulta em Pediatria os atendimentos na faixa etária de 15 a 21 anos incompletos (código de procedimento 02.012.07-3), ratificando a resolução do CRM nº 1634/2002 , que reconhecia a assistência ao adolescente como parte do exercício pediátrico. A partir daí, criou-se um movimento para incluir a disciplina de Medicina de Adolescentes no Departamento de Pediatria. Essa disciplina na ocasião era optativa e fazia parte do Departamento de Medicina Interna, na antiga UCA, Unidade Clínica de Adolescentes.
Contudo, somente em 04 de fevereiro de 2014, a disciplina de Medicina de Adolescente, antes pertencente ao Departamento de Medicina Interna, passa a fazer parte do Departamento de Pediatria através da DELIBERAÇÃO Nº 04/2014 da Reitoria da UERJ.
Nesta época, a UCA já tinha se transformado em uma unidade independente da Faculdade de Ciências Médicas, passando a ser denominado Núcleo de Estudos da Saúde do Adolescente- NESA, diretamente ligado ao Centro Biomédico.
Atualmente o Departamento de Pediatria ministra cinco disciplinas para o curso de medicina e oferece assistência a crianças e adolescentes de zero a 18 anos no HUPE nos seguintes setores: ambulatório de Pediatria, enfermaria de Pediatria, Unidade de Terapia Intensiva e Unidade Neonatal. A residência médica em Pediatria tem duração de três anos e são oferecidas por concurso 12 vagas anuais.
| Nome da Disciplina | Código da Disciplina | Período do Curso | Carga Horária (h) |
| Pediatria I | FCM11-14079 | 5º período (3 º ano) | 80 |
| Pediatria II | FCM11-14084 | 6º período (3 º ano) | 215 |
| Pediatria III | FCM11-14089 | Internato | 375 |
| Pediatria IV -(op) | FCM11-14090 | Internato | 110 |
| Pediatria V – (op) | FCM11-14092 | Internato | 110 |
| Integradora Materno-Infantil | FCM12-14120 | 6º período (3 º ano) | 40 |
| Medicina de Adolescente I | FCM11-14071 | 6º período (3 º ano) | 85 |
| Medicina de Adolescente II -(op) | FCM11-14073 | Internato | 110 |
| Medicina de Adolescentes III-(op) | FCM11-14077 | Internato | 110 |
| Alergia e Imunologia Clínica-(op) | FCM11-14033 | 5º Período (3º ano) | 40 |
Professores Precursores do Departamento de Pediatria
Mario Olinto-In Memoriam 
Fernando Olinto-In Memoriam 
Newton Potsch de Magalhães-In Memoriam 
Ruy de Souza Rocha – In Memoriam 
Nicola Albano-In Memoriam 
Edna Ferreira da Cunha 
Helcio Vilaça Simões 
Flamínio da Silva Nascimento 
Selma Chagas Manso 
José Luis Bandeira